2006年10月31日中国全国人大常委会通过了《农民专业合作社法》，2007年7月1日起实施。从此，中国农民的合作社第一次有了合法身份，能够作为市场主体之一与其他类型的经济实体在市场上进行交易，开展经济活动。近5年来，中国农民专业合作社发展迅猛，但也面临着新的挑战。
一、中国农民专业合作社在中国农村基本经营制度的框架中创立与发展
以家庭承包经营为基础、统分结合的双层经营体制，是适应社会主义市场经济体制、符合农业生产特点的中国农村基本经营制度。
发展农民专业合作社，要在稳定和完善家庭承包经营的基础上进行。当前中国农户的构成是大量小规模兼业农户与少数专业农户并存的格局；中国的农业是市场化、商品化和专业化的农业与口粮农业(生存农业)并存的格局。从变动趋势看，在一部分兼业农户离土离乡的同时，专业农户正在兴起壮大。农民专业合作社应该以专业农户为社员的主体，使合作社的所有权、控制权和受益权真正掌握在专业农户手中。
二、中国农民专业合作社要在发展中逐步规范
截至2011年底，全国登记的农民专业合作社已超过50万家、近4000万农户入社。最近一段时间，大约每个月要增加1万多家合作社，带动农户已经达到全国农户的15%以上。在登记注册的合作社中，一部分仍是松散型的，虽然在工商局注册登记，但没有办公场所，有的连牌子也没有挂；一部分合作社只是从事技术服务和流通服务活动的中介性组织，没有经济实力来从事经营性活动。在一些具有一定经济实力的合作社中，有的是由涉农公司领办，有的是由专业大户或大股东领办。当前合作社的发展呈现异质性、多样性的特点，水平参差不齐。对合作社的发展数据应实事求是地分析和判断，不要过高估计合作社对农民的实际带动能力。农民专业合作社今后工作要在发展中逐步规范，从注重数量扩张向注重提升质量转变。
三、专业大户领办合作社如何体现合作社的核心价值观念及基本原则
合作社的核心价值观念是自助、民主、平等、公平和团结，合作社基本原则的核心是社员拥有合作社的所有权、控制权和受益权。
在中国农村的实践中我们看到，热心组织和发起合作社的往往是弱势群体(市场竞争中处于不利地位的农产品生产者)中的那部分具有一定经济规模、农产品商品化程度较高的专业化大农户。应该说，这部分人是中国农业先进生产力的代表，他们在各自专业化生产的基础上走向联合，组建合作社。实践证明，没有合作社企业家，就没有成功的合作社。在认可具有企业家精神的专业大农户成为专业合作社的领头人时，如何促使他们与规模较小的专业农户在合作社内通过民主控制的机制而形成相对协调的利益联结机制?农民专业合作社如何在发展的同时通过共享服务等方式使农村中的小规模兼业农户或老弱群体也能从合作社发展中受益?
四、如何看待公司在合作社中的地位和作用
按照《农民专业合作社法》，农民专业合作社是同类农产品的生产经营者或同类农业生产服务的提供者、利用者，自愿联合、民主管理的互助性经济组织。合作社成员既包括自然人，也包括从事与农民专业合作社业务直接有关的生产经营活动的企业、事业单位或者社会团体。生产与销售农产品的农民社员是服务的利用者，农产品加工或营销公司作为合作社团体会员，是服务的提供者，二者之间必然产生利益分割问题。现行法律允许公司(龙头企业)加入合作社，是将服务利用者和服务提供者包括在一个组织之中，这样的合作社也就成为一种利益双方组成的异质性组织。
在专业合作社发展中，龙头企业加入或领办合作社，是剥夺小农呢，还是实现双赢、成为利益共同体?龙头企业成为合作社的成员，实质上是将农业产业化中的龙头企业(公司)+合作社(协会)+农户的外部关系转化到合作社内部，把不同利益主体之间的关系和矛盾内化于合作社中。这种内化是不是一种进步?对公司的利润最大化机制是不是一种制约?这些问题要在实践中回答。但是，生产与销售农产品的农民社员自己来办公司，将经济活动向农产品流通和加工能力领域拓展，分享初级农产品进入二三产业的增值收益，最终实现服务利用者和服务提供者身份的同一，这是我们应该鼓励和倡导的发展方向。
五、如何在深化农村金融体制改革中促进真正的农村信用合作的发展
世界各国农村金融发展的实践证明，在多元化、竞争性的农村金融体系中，合作金融应是其中一个重要的组成部分。现在中国并没有农民所拥有、为农民提供金融服务的正规的农民合作金融组织。没合作金融的支持，中国的农民专业合作社也很难发展壮大起来。中共中央十七届三中全会决定提出：“允许有条件的农民专业合作社开展信用合作。”由于专业合作社不需要验资，注册准入的门槛又很低，一些以资金赢利为目的的公司或放款人也就以合作社资金互助部门的名义来吸储和放贷赢利，混淆了合作金融与民间借贷的界限，扰乱了金融秩序。通过制定完备和明确的政策法规及条例，一方面使各种金融成分各归其位，有效防止合作金融的异化，另一方面又鼓励和促进真正的农村信用合作的发展，这是深化农村金融体制改革应该完成的一项任务。
六、如何深化农村现代流通服务体系的改革，促进农民专业合作社的联合
近年来，一些农产品价格剧烈波动、产品滞销的现象说明，单个小农无法准确掌握供给与需求的平衡关系，分散的基层农民合作社或协会、基层的乡镇政府有关部门，甚至县一级政府部门也无法了解大市场的需求，无法有效地配置资源、实现供给与需求的对接。农产品供给与需求的不平衡呼唤建立地区一级甚至更高层次的农民合作社联社，联社规模越大，其抵御自然风险和市场风险、消除农业生产波动影响的能力也会越强。《农民专业合作社法》
没有提及合作社成立联社的问题，如果寄希望于随着政策的推进，各类农产品的专业合作社逐步形成一套完整体系，这将是一个缓慢的进程。应该充分利用现有的制度架构和组织体系，深化流通体制的改革，发育出整合现有的农村流通体系中各个相关主体(涉农企业、供销社、农产品行业协会、农民专业合作社、农民经纪人协会……)更大的平台，使这个平台真正成为农产品供需有效对接、政府有效调控市场的抓手，在此进程中，促成基层农民专业合作社在更高层面的联合。
七、如何看待农民专业合作社和农村社区组织之间的关系
有的学者认为，对于东亚小农社会而言，比较有效的发展合作社的方式，是发展类似日本综合农协的多功能的合作社。在中国农村，包括农用地和农村集体建设用地在内的农村土地集体所有这一特性构成了村组社区组织从事经济活动的法理基础，这一特性也就决定了中国农村的社区组织是专业合作社的母体和摇篮。在专业合作社的发展进程中，土地承包经营权的流转，水、电等资源的配置和利用，都离不开农村社区组织。在《农民专业合作社法》颁布后，随着地方政府重视程度的提高，专业合作社的功能增加、作用增强，专业合作社经济上越是活跃，与农村社区组织之间产生的经济联系就越多，市场导向的跨地域的专业合作社与内生的地缘性的农村社区组织的碰撞与融合的问题也就越来越突出，应从理论和实践层面上加以廓清。
八、如何正确处理合作社与地方政府之间的关系
合作社发展要与当地经济发展阶段相适应，应是一个水到渠成、因势利导的过程。在这个过程中，必须以农民自愿为原则，政府应鼓励、引导和支持农民专业合作社的发展，但不能干预，只应起一个“催化剂”的作用，尤其要防止在发展合作社的问题上定指标、下任务，拔苗助长。但是，地方政府真正做到对合作社扶持而不干预则需要破除体制和机制上的障碍。
在中国的农民专业合作社中，如果作为社员的专业农户能真正成为合作社资产的主要所有者、合作社事务的控制者和合作社所提供服务的受益者，由他们在制度安排上进行大胆的探索，那么，他们必能应对面临的挑战，解决令我们困惑的问题，其成功或失败的经历都将丰富合作社的理论与实践，并为国际合作社运动做出应有的贡献。
