近年来，设施农业在推动农村经济发展、保障城市蔬菜、水果、花卉等供应方面发挥了重要作用，但是，设施农业在发展过程中也面临着诸多问题。农药、化肥使用过量，污染土壤和过度使用地下水等问题；农民种植产品单一，与市场对接不紧密，产品销售难等因素均制约了农户进行设施农业发展的积极性。
中投顾问农林牧渔业研究员郑宇洁指出，设施农业属于高投入高产出，资金、技术、劳动力密集型的产业。主要包括设施园艺和设施养殖两部分。但因为农民对设施农业的理解不深入，农业科技下乡推广有限，致使设施农业的发展产生很多负面效应。单纯的追求高产出、高投入，而不注重资源的节约利用、环境的保护等将不利于农村经济长期健康发展。
资金短缺，政策补贴不到位，制约了设施农业发展。设施农业在前期发展需要投入大量的资金，尤其像塑料大棚温室和现代玻璃房等建设，成本高、技术要求高，一般的农户难以有足够的实力进行建设。农业弱质性、高风险性，也加剧了农户投资设施农业的担忧，因此很多农户对发展设施农业有很大的观望情绪，或者用简陋的设备进行生产，效益大打折扣。
技术推广难，创新慢，设施农业的潜力难以发挥。设施农业要产生良好的经济效益，核心推动力就在于科技。科技是设施农业核心优势，却也恰恰是其最缺乏的。一方面，我国农业科技推广难，虽然也有“科技下乡”等政策支持，但是往往农民难受益，间断性、走过场的科技下乡，根本难以为农民提供技术方面的指导和帮助；另一方面，农业科技创新技术慢，而且集中在科研院校，对广大需要技术支持的农民产生的扶持小。
人才愈加缺乏，且形势严峻，不容忽视。随着经济发展水平提升，户籍制度放松，农民进城务工的数量、时间大大增加。农民兼业化现象十分普遍，以前的“种粮能手、蔬菜专家、瓜果大王”等人员在农村越来越少，农业人口老龄化、知识素养跟不上，严重制约了设施农业发展。
中投顾问研究总监张砚霖指出，设施农业经济效益好，反季节种植蔬菜、瓜果等具备市场竞争的优势和潜力。随着我国农业现代化水平的不断提升，中央“一号文件”对“三农”问题的持续关注，我国设施农业发展在很大程度上已经摆脱了“靠天吃饭、靠地吃饭”的境况，但是依然存在诸多矛盾和发展瓶颈。设施农业也要走产业化、集中化、品牌化道路，国家要加强政策的扶持、落实补贴款项，从而切实推动其发展。
