近年来，随着中央财政支农投入持续大幅增加，农业财政资金科学化、精细化管理深入推进。农业部通过加强财务信息化管理，使部系统预算保障水平稳步提升，项目管理能力持续提高，财务监督机制进一步健全，财务管理基础工作不断加强。
预算编报、执行实现网络化管理。农业部建立了部门预算执行信息系统，实现了农业部所属单位预算指标管理、预算执行计划、预算执行进度的网络化动态管理。建立农业部部门预算编制系统，实现“两上两下”预算编制过程中预算意向调研、预算建议申报与审核、控制数细化与下达的全程信息化、网络化管理，增强了数据录入、审核、批复的及时性，大大提高了预算编报效率。
农业财政项目管理网络全时监控。为提高项目资金运行安全性，2012年，农业部启动了农业财政项目管理信息系统研发工作，在下达2013年部门预算项目指南前正式使用。该项目管理系统的应用，将所有项目资金分配、支出、使用全过程都纳入监管，对项目申报、评审、执行、考核等实行网络全时监控，实现规范化、常态化、全程化科学管理，增强了监管工作能力。
财务管理系统明晰高效。于2003年正式启动运行的农业部财务管理信息系统，建立了8个账套并行的集中管理模式，包括行政账、事业账、科学事业账、后勤事业账、基建账、企业及非营利组织账、党团工会账、外汇限额账。2013年，着手建立农业部行政事业单位会计账套的财务大账套模式，将行政事业单位的会计核算由多个子账套核算合并成一个账套核算，将社会团体的会计核算统一到民间非营利组织核算账套内核算，并根据财政部颁布的《事业单位会计制度》要求，重新设置会计科目及相关档案信息。目前，部机关和京内直属二级预算单位的会计核算全部纳入到该系统中进行会计核算。
行政事业单位资产管理步入规范化。2010年，根据财政部的统一部署，农业部完成了部属行政事业单位国有资产管理系统基础数据的转换、录入工作，在部系统范围内实施运行了资产管理信息系统。目前，系统运行已逐步进入规范化、常态化阶段。
