如何既统筹城乡保障经济社会协调发展，又保护农村土地资源和农民土地权益，已经上升为当前农村土地问题的主要矛盾。
在推进城乡一体化的进程中，一些地方从城市利益出发、延续“城市化”倾向而继续剥夺“三农”的种种变形的所谓“城乡一体化举措”，不仅不能使农民融入城市，而且埋下了社会冲突的隐患或正演化为激烈的社会冲突。由此，引发社会和媒体对农村土地问题的深切关注。
为什么“最严格的耕地保护制度”，没能抑制耕地持续减少的现状？为什么一些地方的基本农田“上山下滩”、跨省区占补平衡的局面没有根本改观？
整理国家统计年鉴和《中国国土资源公报》有关数据发现，1978～2007年的29年间，我国耕地面积净减少1272.53万公顷(1.94亿亩)，年均减少668.97万亩。耕地减少除了灾毁、生态退耕、农业结构调整等因素外，建设占用是主要因素。2008年全国建设占用耕地仍有287.4万亩，灾毁耕地37.2万亩，生态退耕11.4万亩，农业结构调整减少耕地37.4万亩，四项共减少耕地373.4万亩。同期，全国土地整理复垦开发补充耕地344.4万亩，净减少29万亩。近几年建设用地供应总量仍然呈较快增长趋势，2009年全国批准建设用地57.6万公顷，比上年增长44.6%；2010年全国实际土地出让面积42.8万公顷，同比增加105%，土地出让成交总价款高达2.7万亿元，同比增加70.4%。这是耕地面积持续减少的最大危险。
统筹城乡发展和城乡一体化本来是为解决“三农”问题提出来的，但是，为什么一些地方不是“推动资源要素向农村配置”，不积极探索“工业反哺农业、城市支持农村”的途径和办法，而把“统筹城乡发展”变成了城乡资源统分统配、想拿就拿的借口，导致农村土地继续大量流向城市和建设用地市场？耕地的市场价值无法估算，假设征收每亩耕地农民收益平均流失5万元，国家通过垄断土地一级市场，从农民手中拿走的土地资产是多少万亿，工业反哺农业、城市支持农村究竟何日实现？
为什么农村人口持续减少，而农村宅基地面积却在持续增加？据中科院地理科学与资源所和国土资源部土地管理中心的研究，1996～2005年，我国乡村人口由85085万人，减少到2005年的74544万人，减少了10541万人；同期农村宅基地却增长的6.46万公顷。
为什么一些地方热衷于推行以农民土地经营承包权、宅基地及住房，置换社会保障和城镇住房(简称“三置换”)，用新方式、新手段圈占农民土地？为什么一些地方钻“城乡建设用地增减挂钩”(简称“双挂钩”)空子，模糊土地产权和利用边界，规避土地用途管制？
现实农村这样的案例很多，比如：苏州高新区因征地和拆迁补偿引发的群体事件；江西宜黄强制拆迁事件等。重庆市“地票”交易，即将农村宅基地及其附属设施用地、乡镇企业用地、农村公共设施和公益事业建设用地等农村建设用地复垦为耕地后，通过“双挂钩”制度，将结余指标用于城市新增建设用地的做法，其实也对“土地用途管制”造成了冲突。
为什么政府“为民办实事”、“增加农民收入”、“打破二元结构”的种种作为，只要涉及土地问题，总是得不到老百姓的真心拥护？比如，政府推动的土地流转、“三置换”、行政村撤并、旧村和城中村改造等。原因在于许多打着“为农民”幌子的举措，其实还是为了城市扩张，而非“三农”发展。
无论是土地公有制还是土地私有制的国家，解决经济发展需求与土地资源和农民权益保护之间的矛盾，主要靠用途管制制度而非土地所有制度
种种迹象表明，在统筹城乡发展的新阶段，新一轮“圈地”再次悄然复活，我国农村土地管理面临更严峻的挑战。十七届三中全会《决定》预见性地强调，要“健全严格规范的农村土地管理制度”。
