为打击违法犯罪行为，加强新农合基金管理，维护基金安全，针对近期在部分地区出现的套骗取新农合基金等违规现象，国家卫生计生委办公厅于2016年11月30日印发了《关于开展全国新农合基金监管专项督查工作的通知》（国卫办基层函﹝2016﹞1287号），对近期出现的几例套骗取新农合基金的典型案例进行了通报，并在全国范围内部署开展了新农合基金监管专项督查活动。
督查分为自查和抽查两个部分，其中，自查由各省级卫生计生委组织，结合本地实际，通过开展自查、交叉检查、集中抽查等多种形式，全面排查省（区）内新农合资金使用过程中的风险隐患。自查主要包含以下内容：一是严格按照新农合基金管理相关制度，逐条对照并开展新农合基金监督管理检查；二是加强对定点医疗机构的监管，开展对定点医疗机构诊疗和收费行为合规性的考核评价；三是加强异地就医票据审核，对异地就医的大额发票进行全面复核。在各省全面自查的基础上，国家卫生计生委拟联合财政、公安等部门于12月开展现场抽查工作，加大对新农合基金监管违规行为的打击和震慑力度。
