2016年中央一号文件提出的“农业供给侧结构性改革”，是2015年中央经济工作会议关于供给侧结构调整与改革在农业领域的贯彻，具有极强的针对性。解决好现阶段我国供给侧的种种问题，不仅要重视供给侧的结构调整，而且要重视供给侧的制度性改革，并且要将这两者有机结合起来，以达到对供给侧问题的既治标、又治本。
当前我国农业供给侧的结构调整与改革，需重点突出改革推动和战略性结构调整;不仅要将政府行政推动和改革推动有机结合，而且要将现行农业供给侧结构调整的“去库存、降成本、补短板”策略与农业战略性结构调整有机结合;着重处理好政府引导与市场主导的关系，着眼于建立政府引导、市场主导、行业协调、农民(企业、合作社)主体的“四位一体”农业供给侧的治理架构，使我国农业供给侧结构与制度尽快适应全球化、市场化和现代农业发展的需要。
就当前我国农业供给侧改革而言，重点应推进以下三个方面的改革。
一是推进农业调控体制改革，优化农业供给侧治理结构。要通过政府职能的进一步转变和政绩考核体系的改革，以有效发挥市场调节供求关系、主导经营者行为的基础性作用。并且在政府职能转换的同时，通过赋权扩能，加快跨区域农业行业组织的发展，真正发挥行业组织在产能控制、供给调整、有序竞争、质量监控、品牌打造、信息服务、价格协调、贸易促进等方面的作用，建立政府、市场、行业与产业经营主体“四位一体”、职责明确、功能互补的农业供给侧治理结构。
二是推进农业经营制度改革，提高农业供给侧经营水平。农业全产业链环节多、形态多，并且跨域一产、二产和三产，往往难以用一种经营制度或一种组织模式来驾驭。因此，必须通过农业经营制度的改革和组织制度的优化，充分发挥农户家庭经营、农民合作经营、企业公司经营和行业自我协调的各自功能和制度优势，在此基础上，还应促进这些经营制度及其组织的有机结合和集成创新，形成家庭经营、合作经营、公司经营、行业协调“四位一体”的现代农业经营体系，以推进农业的多类型适度规模经营和多元化、专业化服务，提高农业供给侧的产业融合度、产业化经营水平和纵向一体化效率。
三是推进农业要素制度改革，提高农业供给侧配置效率。首先是农村土地和生态资源产权制度不完善，导致土地和生态资源的市场交易和市场配置能力不足。其次是农民社保和财产权益不完整，导致农业农村劳动力流动不畅，劳动力价格形成存在扭曲现象。再次是金融市场化滞后和农民财产权利不完整，又导致农民农业信贷难、抵押难和保险难。农业生产要素的市场化滞后，致使要素在空间、在产业链的配置效率降低。为此，必须加快生产要素市场化取向的改革，重点是进一步推进农村土地产权制度、农民住房制度和社保制度、农村金融制度的改革，赋予农民更多财产权利和要素经营权，提高市场对农业供给侧生产要素的配置能力和配置效率。
